采用聚丙烯酸类阻垢剂时要特别小心，在铁含量较高时可能会引起膜污染。这种污染会增加膜的操作压力，遇到这类污染要进行酸洗。
如果在预处理中使用了阳离子混凝剂或助凝剂，在使用阴离子性阻垢剂时要特别注意。会产生一种粘稠的粘性污染物，污染会造成操作压力增加，而且这种污染物清洗非常困难。
过量投加阻垢剂会导致在膜面上形成沉积，造成新的污染问题。在设备停机时一定要将阻垢剂或分散剂彻底冲洗出来，否则会留在膜上产生污染问题。在用RO进水进行低压冲洗时要停止向系统注入阻垢剂。
注入阻垢剂的加药泵要调到最高注入频率，建议最少5秒钟一次。阻垢剂的典型添加量为2-5mg/L。为了让加药泵以最高频率工作，需要对药剂进行稀释。每次配制的阻垢剂稀释液使用量建议为7-10天左右。
