脱盐率是通过反渗透膜从设备进水中去除可溶性杂质浓度的百分比。脱盐率＝(1－产水含盐量/进水含盐量)×100%。反渗透膜元件的脱盐率在其制造成形时就已确定，脱盐率的高与低取决于反渗透膜元件表面超薄脱盐层的致密度，脱盐层越致密那么它的脱盐率就越高，同时产水量越低。反渗透对不同物质的脱除率主要由物质的结构和分子量所决定，进口反渗透膜元件对高价离及其复杂单价离子的脱除率可以超过99%，对单价离子如：钠离子、钾离子、氯离子的脱除率稍低，但也超过了98%；对分子量大于100的有机物脱除率也可达到98%。

影响反渗透脱盐率的因素有：

◆离子价数脱盐率是随着离子价数的增加而提高的，二价、三价盐的脱盐率也要高于单价盐；

◆分子大小脱盐率随分子直径的增加而提高；

◆原水温度原水温度升高时，由于水的粘度降低脱盐率提高；

◆原水浓度原水浓度提高时，脱盐率下降；

◆工作压力工作压力提高时，脱盐率有所提高但不明显；

◆PH值酸性条件下虽然膜不容易堵塞，但脱盐率要有所下降；

◆溶解气体可溶解性气体在游离状态下容易渗透而不脱除CO2、SO2、O2、Cl2、H2S等；

◆氢键趋势于含有强氢键的化合物，脱除率很低，如水、酚和氨等；（也正因此才实现脱除水中杂质和溶解物而达到与其他物质分离的目的；

◆有机物质水中的有机物对膜有污染作用，有机物越多膜的性能越易变坏；

◆水的硬度水的硬度越高膜越容易堵塞，对于高硬度水应先软化处理，降低硬度再进反渗透；

◆固体颗粒固体颗粒对反渗透膜的危害极大，必须进行预处理；

◆微生物水中的微生物、细菌对膜有危害，必须进行预处理；

◆氧化物金属氧化物进入反渗透不能进行自行清除，应定期化学药物清除。