使用广泛的膜元件还分为内压与外压两类工作模式。外压膜的致密层在膜丝外侧﹐并于膜丝外侧施压进水，膜丝内侧零压并导出产水﹔内压膜的致密层在膜丝内侧，并于膜丝内侧施压进水，膜丝外侧零压并导出产水。内压模式有效膜面积较小、进水流道较窄、污染速度较快，但易于正向冲洗不易反向冲洗，较小浓水流量即可解决浓水排污;而外压模式与其特点相反。

中空超微滤膜与复合反渗透膜存在两大差异：一是污染速度快;二是清洗速度快。前者是由于超微滤进水中存在的大量悬浮物、微生物与胶体，后者是由于超微滤膜的截留物质易于清洗，多孔结构易于反向清洗及膜体材料耐受氧化剂清洗。超微滤组件在小比例错流工艺条件下的清污效果并不明显，因此无论内压或外压运行方式，超微滤组件用于水处理时多采用90%以上的高回收率，甚至采用100%的全流运行方式。

立式超微滤膜组件的进水及产水径流，存在下进上出、下进下出、上进上出、上进下出四种可能的运行方式。超微滤组件运行时需要考虑排空组件内的气体与保持组件内通量均衡两大问题。为便于排空组件内的气体，组件运行应采用下进上出方式。如采用下进下出、上进上出、上进下出的任何方式，或使膜组件底部与上部膜两侧压差加大，不利均衡通量与均衡污染;或不利于组件内的空气排出。

总之，出于顺利排气及均衡通量两个方面考虑，各膜厂商的产品均设计为下进上出运行方式。